El municipio tiene una extensión territorial de 28 kilómetros cuadrados, registra una altura que oscila entre 1,200 y 950 pies sobre el nivel del mar, por lo que el clima es generalmente caluroso.
La cabecera departamental se encuentra a una distancia de (5) kilómetros de la cabecera Municipal y de la capital a (180) kilómetros, ambas distancia sobre carretera asfaltada de primera clase.
San Sebastián, está conformada por el área urbana por distintos cantones siendo estos Pajosom, Ixpatz, Paoj y Parimox y el área rural, se encuentra Pucá, Xulá, Ocósito y Samalá. Se llega al Municipio de San Sebastián por dos vías: una de las vía de acceso es por el departamento de la cabecera de Retalhuleu, que es un recorrido bastante transitado e influyente para tomar la calzada del municipio de san Sebastián, y la otra vía se toma de la carretera Ínter América, y es la que se utiliza para entrar por el norte del municipio a 1.5 Km . del área urbana del municipio, así mismo dirige al centro de San Sebastián por la 4av. Cruzando las distintas calle como la 4 calle, 3 calle A, 3 calle, 2 calle y luego al finalizar al centro del municipio, encontrando a lado oriente el parque central, y al poniente la municipalidad.
De acuerdo a la investigación realizada en 2007, los resultados del estudio especifican que proceso de recolección interna y externa suelen provocar la problemática en el lugar. Para comenzar a hablar del problema, se determina que la municipalidad no cuenta con un tren de aseo municipal, efectúan tal proceso con un pick-up, transportando los residuos de las instituciones como la policía nacional civil, la supervisión de educación, el mercado municipal y la municipalidad hacia el lugar conocido como la playa, dicho zona es un predio municipal donde se ubica el rio Samalá, es allí donde empieza la contaminación del medio ambiente.
La población del Municipio de San Sebastián, Retalhuleu; no le brinda la importancia que tiene el manejo de residuos sólidos y los efectos que causan por no dedícales un proceso adecuado siendo estos: la contaminación de las aguas, el aires y del medio ambiente en su flora y su fauna, donde contaminar enferma y ensucia.
De acuerdo a la investigación efectuada en 2007, por estudiante de administración de empresa en nivel de licenciatura, de la Universidad de San Carlos de Guatemala, se propuso el perfil del proyecto para un tren de aseo municipal con sus respectivos estudios, los cuales son: Técnico, Administrativo, Financiero y Legal. Además de ello se propuso concientizar a la población sobre la importancia del manejo adecuado de los residuos sólidos. Esta investigación de tandas que son efectuadas por la Universidad de San Carlos de Guatemala, como aporte a los municipios, comunidades y sociedad en general, las autoridades municipales no le brindan importancia necesaria a dicho proyectos, quedando en papel y como otro documento que conforma la biblioteca universitaria.
